A la derecha se ve a Juan el Bautista, que señala con el dedo el cuerpo lívido e inanimado de Jesús. Viste una grosera pelliza de pelo de camello; tiene estatura elevada, los cabellos revueltos y una barba descuidada; lleva en la mano las escrituras, y con un índice desmesurado, señala didácticamente la figura de Cristo. A sus pies, el Cordero de Dios (símbolo de aquel Jesús que él ha bautizado) tiene el pecho herido y una copa recoge el fluir de la sangre que de allí sale. A sus espaldas, en el agujero de penumbra que envuelve el angustioso silencio de la escena, se lee Illum oportet crescere, me autem minui ("Es preciso que él crezca y que yo disminuya), extraído del Evangelio según san Juan (3,30), donde el Bautista declara haber sido enviado para anunciar a Cristo.
El paisaje que se despliega a partir del patíbulo en un crepúsculo de muerte, permite vislumbrar las aguas estancadas de un río.
Podría decirse que es en la representación del martirio que tiene esta obra de Grünewald la razón de su existencia, como si a través del pintor alemán se abriese el camino que llevará al Grito de Munch; pero no hay parte alguna de la tabla, comenzando por la imponente presencia del Bautista, que no tenga también un significado teológico, estudiado previamente con el comitente, el abad Guido Guersi, con un intento didáctico que se dirige a los enfermos que el monasterio de Isemheim hospedaba.
Observa el escritor francés Joris-Karl Huysmans que:
Este Cristo espantoso, moribundo sobre el altar del hospicio de Isemheim parece hecho a imagen de los afectados por el fuego sagrado que le rezaban, y se consolaban con el pensamiento que el Dios al que imploraban había probado sus mismos tormentos, y que se hubiese encarnado en una forma repugnante como la de ellos, y se sentían menos desventurados y menos despreciables.
